Pimpinan Fakultas Ilmu Komputer adalah Dekan yang dibantu oleh satu orang Wakil Dekan yang membantu Dekan dalam mengelola Fakultas. Mengacu pada kebijakan reorganisasi yang ditetapkan oleh Universitas Esa Unggul pada tahun 2010, Fakultas Ilmu Komputer terdiri atas 2 Prodi yaitu Prodi Teknik Informatika dan Sistem Informasi. Setiap Prodi dipimpin oleh Ketua Prodi. Untuk kegiatan yang berkaitan dengan laboratorium baik pelayanan maupun riset, dikelola langsung oleh Kepala Laboratorium (Ka Lab). Selain itu dalam rangka pengembangan ilmu, KaProdi dibantu oleh beberapa Koordinator Bidang Ilmu. Dalam rangka mengembangkan kegiatan penelitian dan pengabdian masyarakat Fakultas memiliki Pusat Studi yang dipimpin oleh Ketua Pusat Studi. Tanggung jawab dan kewenangan setiap jabatan dicantumkan pada Statuta Universitas dan Dokumen Pedoman Mutu Universitas Esa Unggul.
Selain pejabat struktural, untuk membantu pelaksanaan tugas administrasi sehari-hari pejabat struktural Fakultas Ilmu Komputer dibantu oleh 2 orang tenaga administratif dan 2 laboran. Kebijakan sentralisasi administrasi di tingkat Universitas serta desentralisasi kegiatan akademik di tingkat Fakultas dan Prodi (SADA) yang ditetapkan oleh Universitas, membantu mengurangi tugas-tugas administrasi yang dilaksanakan di Fakultas maupun Program Studi, sehingga diharapkan peran dosen dalam pelaksanaan Tri Darma Perguruan Tinggi dapat lebih optimal.
Dalam pelaksanaan proses tersebut di atas mengacu pada aturan Unversitas yang tercantum pada Statuta Universitas Esa Unggul 2010 dan dokumen ISO 9001:2008/IWA-2.